Algorithmen der Bioinformatik

Dozent: Prof. Dr. Georg Schnitger

Büro: 302 

Vorlesungsankündigung  Themen: 

• Pattern  Matching 
• Knuth-Moris-Pratt, Boyer-Moore
• Suffix-Bäume und Ukkonens Algorithmus
• Alignment
• Paarwises Alignment
• Heuristiken (FASTA, BLAST)
• Mehrfaches Alignment
• Center-Star Methode
• Phylogenetische Alignments
• Heuristiken 
• Motiv-Suche
• Hidden Markov Modelle
• Baum-Welch Algorithmus
• Sequenzierung
• Physical Mapping
• Shotgun-Sequenzierung
• Kürzeste Superstrings
• Bestimmung von Signalen
• Ähnlichkeitsmessung
• Heuristiken für die Lokalisierung von Genen
• Spliced Alignment
• Strukturvoraussage von Proteinen
• 3-Dimensionales Alignment
• Protein-Faltung
• Sequenzierung von Proteinen
• Genom-Rearrangement
• Phylogenetische Bäume
• DNA-Computing

• Dan Gusfield,  Algorithms on strings, trees and sequences: computer science and computational biology. Cambridge University Press, 1999.
• Ron Shamir, Algorithms in computational biology.   (Vorlesungsskript) http://www.math.tau.ac.il/~rshamir/algmb/algmb98.html 
• Richard Karp and Larry Ruzzo, Algorithms in molecular biology. (Vorlesungsskript)  http://www.cs.washington.edu/education/courses/590bi/98wi/ 
• Pavel Pevzner, Computational molecular biology: an algorithmic approach. MIT Press, 2000.